У вересні 1943 року Сталін прийняв у Кремлі митрополитів Сергія (Страгородського), Алексія (Симанського) і Ніколая (Ярушевича). Він дозволив відкрити частину церков, монастирів і семінарій, приступити до видання офіційного журналу Московської патріархії і провести вибори патріарха.
При цьому церква жорстко підпорядковувалася Раді у справах Російської православної церкви при Раднаркомі, в який був перетворений 5-й відділ 2-го управління НКДБ. Очолив Раду у справах РПЦ начальник цього відділу полковник (з 1945 року – генерал-майор) держбезпеки Георгій Карпов.
У 2017 році СБУ оприлюднила документи НКГБ про освіту Московської Патріархії. У них, зокрема стверджується, що ВСІ делегати т.зв. Помісного Собору РПЦ МП 1945 року завербовані чекістами.